Berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 12 Tahun 2022 tentang Organisasi dan Tata Kerja, Dinas Pertanian, Pangan, Kelautan dan Perikanan Provinsi Papua Selatan merupakan unsur Pelaksana Pemerintah Daerah di bidang Pertanian, pangan, kelautan dan perikanan berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Gubernur Papua Selatan. Tugas ini diselenggarakan oleh seluruh komponen dalam dinas mulai dari Kepala Dinas, Sekretaris, Kepala Bidang, Kelompok Jabatan Fungsional, Kepala Sub Bagian, Kepala Seksi, Sub Koordinator beserta stafnya. , dengan struktur organisasi lengkap terdiri dari :

1. Kepala Dinas;
2. Sekretariat;
3. Bidang Pangan;
4. Bidang Tanaman Pangan, Hortikultura dan Perkebunan;
5. Bidang Peternakan, Kesehatan Hewan dan Kesehatan Masyarakat Veteriner;
6. Bidang Kelautan dan Perikanan; dan
7. Kelompok Jabatan Fungsional.